1、性质不同
浓缩胶:在不连续聚丙烯 酰胺凝胶电泳中,同一介质的凝胶浓度分为 两种,负极的加样侧一般浓度为2%〜5%。
分离胶:不连续缓冲体系聚丙烯酰胺凝胶电泳中的一部分,其组成、缓冲液pH和凝胶孔径与浓缩凝胶不同。它具有分子筛效应的小孔径凝胶。
2、过程不同
浓缩胶过程:由于浓缩胶浓度低、孔径大,分离胶浓度高,孔径小。带电蛋白质或核酸离子在大孔径凝胶中运动时,阻力小,运动速度快。当接近小孔径凝胶时,阻力较大,移动速度减慢,使样品浓缩,形成窄带,减少电泳过程中的带扩散。
分离胶过程:蛋白质或核酸在电泳过程中由浓缩胶进入分离胶,由于分子筛的作用,小分子物质容易通过,阻力小,迁移速度快。大分子由于较大的电阻而滞后,因此,即使具有类似净电荷和相等的游泳率的物质,也会根据分子量的不同而通过分子筛效应从凝胶中分离出来。
分离胶和浓缩胶时间的间隔有长有短,和它们的物质组成有关,一般在五分钟左右。
DNA电泳一般使用的都是琼脂糖凝胶电泳,电泳的驱动力靠DNA骨架本身的负电荷。 聚丙烯酰氨(PAGE)凝胶电泳用于蛋白质与寡糖核苷酸的分离。电泳的驱动力靠与蛋白质结合的SDS上所携带的负电荷。蛋白质电泳(一般指SDS-PAGE)根据蛋白分子量亚基的不同而分离蛋白。蛋白质亚基的电泳迁移率主要取决于亚基分子量的大小,电荷因素可以忽视。 所以相同点就是样品都是带负电荷的,从负极向正极移动,移动的距离都和样品的分子量有关。
而且这两个电泳体系可以互相交换使用。
进行大分子蛋白质电泳时,可以考虑换用琼脂糖凝胶,因为该体系孔径大。
相反,如果需要精确到各位数碱基的DNA电泳也可以使用聚丙烯酰胺凝胶系统,因为使用该系统可以将相差一个碱基的两条DNA链分开。 不同点首先是样品不同。这个就不用多说了。
其次是结果的观察方法不同。DNA电泳普遍使用EB做染料,在紫外灯下观察;而蛋白电泳使用的考马斯亮蓝染色,还需要经过脱色步骤,不过观察起来比较简单。还有就是胶体系的差别,DNA电泳通常是一胶跑到底,而蛋白质电泳则会有分离胶和浓缩胶之区别。 电泳中样品移动的本质确实是样品所携带的电荷。但是,区分这些条带直接可以用分子量而无需使用电荷数,是因为这些样品的电荷/分子量比都是恒定的了。
以DNA分子为例,它在电泳中的移动是靠其骨架中磷酸所携带的负电荷来实现的,而这个磷酸分子又是每一个核苷酸中都有的,所以DNA分子所携带的负电荷数是由其核苷酸总数决定的。
而且,DNA分子中核苷酸的组成动辄成百上千,在如此大的分子量面前,讨论单个核苷酸之间分子量的差别就显得毫无意义。
这样,DNA分子中负电荷的量就可以用DNA的分子量来代替,反过来,DNA的分子量也就可以用DNA分子所携带的电荷来代替(一句话,DNA分子的电荷/分子量比是恒定的)。
这在蛋白电泳中(特别是SDS-PAGE中)是一样的。
在SDS-PAGE中,SDS将蛋白质变性成直线分子并紧密包裹于其上,使得其所携带的电荷与蛋白分子量成了一定的比例,剩下的就和核酸电泳一样了。 至于为什么核酸的横着跑,蛋白竖着跑,个人认为最大的问题是蛋白制胶的过程导致的。
蛋白制胶由于使用了两种不同的凝胶系统,所以需要一个水平的分界面。
这个分界面在配胶的过程中是依靠异丙醇在重力作用下的压力下形成的。所以,一并就竖着跑了~~
分离胶4%,浓缩胶12%。
浓缩胶:在不连续聚丙烯 酰胺凝胶电泳中,同一介质的凝胶浓度分为 两种,负极的加样侧一般浓度为2%〜5%。
分离胶:不连续缓冲体系聚丙烯酰胺凝胶电泳中的一部分,其组成、缓冲液pH和凝胶孔径与浓缩凝胶不同。它具有分子筛效应的小孔径凝胶。
浓缩胶过程:由于浓缩胶浓度低、孔径大,分离胶浓度高,孔径小。带电蛋白质或核酸离子在大孔径凝胶中运动时,阻力小,运动速度快。当接近小孔径凝胶时,阻力较大,移动速度减慢,使样品浓缩,形成窄带,减少电泳过程中的带扩散。
分离胶过程:蛋白质或核酸在电泳过程中由浓缩胶进入分离胶,由于分子筛的作用,小分子物质容易通过,阻力小,迁移速度快。大分子由于较大的电阻而滞后,因此,即使具有类似净电荷和相等的游泳率的物质,也会根据分子量的不同而通过分子筛效应从凝胶中分离出来。
浓缩胶里完成完全SDS化、以及把一些大的离谱的东西去掉分离胶就分离。。。
在电泳开始时,通过浓缩胶被浓缩成高浓度的样品薄层(一般能浓缩几百倍),然后再被分离。
当通电后,在样品胶和浓缩胶中,解离度最大的Cl—有效迁移率最大,被称为快离子,解离度次之的蛋白质则尾随其后,解离度最小的甘氨酸离子(PI=6.0)泳动速度最慢,被称为慢离子。由于快离子的迅速移动,在其后边形成了低离子浓度区域,即低电导区。电导与电势梯度成反比,因而可产生较高的电势梯度。
这种高电势梯度使蛋白质和慢离子在快离子后面加速移动。
因而在高电势梯度和低电势梯度之间形成一个迅速移动的界面,由于样品中蛋白质的有效迁移率恰好介于快、慢离子之间,所以,也就聚集在这个移动的界面附近,逐渐被浓缩,在到达小孔径的分离胶时,已形成一薄层。
出现这种情况可能由以下四种原因导致:
1)配胶过程中,分离胶和浓缩胶的界面不平,导致跑胶出现这一现象;
2)电泳槽存在封闭不严的情况,导致电压不稳,出现跑胶条带倾斜;
3)上样量问题,上样量不准确,重新校正上样量;
4)跑胶的边缘效应,点样最好不要靠近胶的两边。
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